По сюжету манги Учиха Итачи должен был уничтожить весь свой клан. Но история поменялась. Наше повествование начнется с того, что Шимура Данзо не смог заполучить глаза Учихи Шисуи...
Итачи вовремя успевает прийти на помощь Шисуи. Начинается кровавая битва. Шимура Данзо пал в этом сражении от руки Учихи Итачи. О случившемся Шисуи и его брат тайно рассказывают Третьему Хокаге и советникам. Такая новость ошеломила правителя селения. Третий начинает понимать, что ситуация с кланом Учиха становится сложнее. Назревает конфликт. Хокаге принимает решение назначить Учиху Фугаку своим военным советником, чтобы поднять репутацию клана, а также расширяет полномочия военной полиции Учиха. Но этот жест доброй воли не убеждает отца Итачи и других отступить от идеи восстания.
Фугаку решает начать мятеж, однако его и других сообщников убивает его старший сын. На глазах Саске Итачи стал убийцей, обрекая себя на судьбу нукенина. Старший брат вынужден покинуть деревню, чтобы избежать казни. Учиха Шисуи узнает об этом страшном событии лишь через неделю, когда возвращается с миссии. Он получает письмо от своего лучшего друга.
Письмо Итачи.
Дорогой Шисуи, я в Аме уже неделю. В безопасности и в бодром расположении духа. Я готов к множеству препятствий и угроз, которые встанут у меня на пути. Те, кто дали мне пищу и кров, сказали, что есть некая команда или преступная организация, которая занимается поиском сильных шиноби. Я решил узнать, что это за организация, но эта информация тщательно оберегается от чужих глаз. Впрочем, неожиданно я получил приглашение от них. Люди, которым я доверяю, считают, что это ловушка. Сам же я не уверен в том, что меня ждет там. Человек в оранжевой маске, который помог мне бежать из деревни, рассказал, что эта организация изменит мир шиноби, также он сообщил, где находится их база. По дороге к ним я узнал, что ситуация в Конохе улучшилась. Клан Учиха полностью подчинился воле Хокаге и деревни, однако теперь наш клан считает меня врагом и предателем. Я совершил это преступление с двумя целями: обезопасить нашу деревню от агрессии клана и найти того, кто заставил Девятихвостого атаковать Коноху много лет назад. Я узнал тайно от Хокаге, что нападение Демона-лиса спланировал Учиха. Но кто именно? Перед смертью Четвертый рассказал Третьему, что в этом был замешан Учиха-отступник. Я догадываюсь о том, кто это может быть. Но у меня нет доказательств, всего лишь догадки. Учиха Мадара. Возможно, он, либо это дело наследников другого клана. Меня измотала это битва. Усталость - не единственная причина. Наши действия неизбежно опускают чашу весов в одну сторону, ведут к бесконечной войне шиноби. Шисуи, если со мной что-то случится, продолжай защищать нашу деревню, клан и моего брата Саске. Историй, подобных той, что происходит сейчас со мной, много. Мир не рухнет, если одна жизнь оборвется.
Сейчас Коноха изменилась в хорошую сторону. Нет войны и кровопролития, наступило мирное время. Клан Учиха процветает под командованием Шисуи. Но не все так безоблачно. Мир шиноби наводняют слухи о преступной организации Акацуки. Тени Акацуки везде. В виде ужасных, жестоких преступлений оставляет свои следы скрытная группа шиноби. Никто даже не знает, что это за группировка. Одно ясно: они повсюду.
Тем временем Учиха Саске стал чунином, а Узумаки Наруто и Харуно Сакура остались генинами. Команда № 7 еле оправилась после тяжелого испытания - экзамена.
Наша игра начинается с того что Третий Хокаге отразил восстание Орочимару и Суны. Благодаря таким джонинам, как Какаши, Шисуи, Ямато, Майто Гай, Гекко Хаяте, Куренай, Асума и другим, жертвы со стороны деревни были минимальны. Клан Учиха тоже сыграл свою роль в этой битве: многие шиноби из клана благодаря шарингану показали силу Конохи. После этого Третий Хокаге начал искать того, кто подойдет на роль будущего лидера селения. Он пытался уговорить Джираю, но тот отказался. Теперь Хокаге предстоят поиски сильного наследника.
Примечания для игры:
Гекко Хаяте – живой и здоровый.
Нохара Рин – живая. За нее можно играть, но надо придумать био, где будет рассказано о том, как она выжила, и почему Обито увидел ее мёртвой.
Кимимаро – не болен.
Гаара – после битвы с Наруто начал меняться в лучшую сторону.
Раса 4 казекаге – умер от руки Орочимару.
Кин, Заку и Досу – живы.
Орочимару – пересадил глаз шаринган, отнятый у простого шиноби из клана Учиха. Он не может воспользоваться мангекью и прочими сильными техниками, лишь копировать приемы низкого ранга.
Сай и Дан стали учениками Ямато Тензо.
Ямато – не член АНБУ, а джонин команды № 19.
Команда № 7 не убили Хаку и Забузу (отпустили), но уничтожили Гато и его банду.
Саске и Шикамару чунины. Также у Саске есть новые техники катона и чидори, которым его научил Какаши.
Главный антагонист: Учиха Мадара, Кагуя.
Второстепенные антагонисты: Орочимару, Кабуто, Чёрный Зетсу.